Nach seiner Facharztweiterbildung war Prof. Dr. Matthiessen Oberarzt an der Universitätsnervenklinik Marburg. 1983-2004 Ltd. praktizierte er als Arzt der Psychiatrischen Modellabteilung für Jugendliche und junge Erwachsene am Gemeinschaftskrankenhaus Herdecke. 1986-1996 betreute er zwei staatliche Forschungsförderprojekte im Auftrag der Bundesregierung. Zudem ist er Mitbegründer der Universität Witten / Herdecke und war von 1996-2009 Inhaber des Lehrstuhls für Medizintheorie und Komplementärmedizin.